Τον Οκτώβριο του 1943 ξεκινά ένας περίεργος εμφύλιος πόλεμος που θα διαρκέσει περίπου 4 μήνες.

Οι Έλληνες αντάρτες του ΕΛΑΣ πολεμούν Έλληνες αντάρτες του ΕΔΕΣ, παρουσία Βρετανών και Αμερικανών στρατιωτικών στα απελευθερωμένα βουνά μιας χώρας που κατέχεται από τους Γερμανούς. Αυτή η φράση αποδίδει πλήρως την τραγικότητα και τον παραλογισμό των γεγονότων της περιόδου.

Είναι χαρακτηριστικό ότι οι επιχειρήσεις του ΕΛΑΣ ξεκινούν με διαταγή που εκδίδεται εν τη απουσία του Σαράφη (στρατιωτικού αρχηγού του ΕΛΑΣ) και μετά την άνοδο του ΓΓ του ΚΚΕ Γ. Σιάντου στα βουνά. Ακόμη και επιφανείς ιστορικοί της αριστεράς αποδέχονται ότι ο εμφύλιος είναι μια απόφαση του ΚΚΕ το οποίο θέλει, έχοντας πλέον επαρκή οπλισμό και εξοπλισμό (μετά την Ιταλική συνθηκολόγηση) να παγιώσει τη θέση του ΕΛΑΣ ώς της μόνης αξιόμαχης και υπολογίσιμης δύναμης στην Ελλάδα.

Τη σύγκρουση ΕΛΑΣ και ΕΔΕΣ θα εκμεταλλευτούν στο έπακρο οι Γερμανοί. Ξεκινούν ευρείας κλίμακας εκκαθαριστικές επιχειρήσεις και αρκετά συχνά εμπλέκονται στις συγκρούσεις μεταξύ των Ελληνικών αντάρτικων μονάδων επιτιθέμενοι κατά μίας από αυτές, με αποτέλεσμα να δημιουργούνται στρατιωτικά δύσκολες και πολιτικά περιέργες καταστάσεις. Ταυτόχρονα επιδίδονται σε προσπάθειες υπονόμευσης των αντάρτικων ομάδων, προτείνοντας ή εφαρμόζοντας μονομερώς ανακωχές με τον ΕΛΑΣ ή τον ΕΔΕΣ, αλλά και κυκλοφορώντας πλαστογραφημένα έγγραφα συμφωνιών.

Το αποτέλεσμα είναι ότι ενώ οι Γερμανοί επιτίθενται παντού και σε όλους, οι αντάρτες συχνά πιστεύουν ότι πολεμούν κατά των αντιπάλων ανταρτών και των Γερμανών ταυτόχρονα. Χαρακτηριστικές περιπτώσεις, η σύγκρουση της ΙΙΙ Μεραρχίας του ΕΛΑΣ που στα τέλη Οκτωβρίου 1943, στην περιοχή Γαρδίκι-Μεσοχώρα ενώ αντιμετωπίζει μονάδες του ΕΔΕΣ, δέχεται Γερμανική επίθεση από την πλευρά της Άρτας. Στις 30-31 Οκτωβρίου, ουσιαστικά σε εξέλιξη της ίδιας μάχης, οι Γερμανοί επιτίθενται κατά του ΕΔΕΣ στο Βουλγαρέλι και απωθούν το Ζέρβα προς τα Θεοδωριανά, όπου ο ΕΔΕΣ δέχεται την επίθεση μονάδων του ΕΛΑΣ υπό το Βελουχιώτη. Και στις δύο περιπτώσεις οι Γερμανοί επιτίθενται κατά του ενός από τα δύο αντάρτικα σώματα, το οποίο ταυτόχρονα αντιμετωπίζει και την επίθεση των αντιπάλων ανταρτών. Τις ίδιες ακριβώς μέρες, την 1η Νοεμβρίου 1943 ισχυρές Γερμανικές δυνάμεις καταλαμβάνουν το Περτούλι, έδρα του Γενικού Στρατηγείου του ΕΛΑΣ.

Ο εμφύλιος ΕΛΑΣ-ΕΔΕΣ θα λήξει στις 4 Φεβρουαρίου 1944 με την ανακωχή μεταξύ των δύο οργανώσεων. Μετά την ανακωχή συγκαλείται διάσκεψη με τη συμμετοχή των αντιστασιακών οργανώσεων (ΕΛΑΣ, ΕΔΕΣ, ΕΚΚΑ), της Ελληνικής κυβέρνησης της Μέσης Ανατολής και του Στρατηγείου Μέσης Ανατολής. Η σύσκεψη ξεκινά στις 12 Φεβρουαρίου 1944 στο χωριό Μυρόφυλλο. Στόχος της σύσκεψης είναι η διασφάλιση της εθνικής ενότητας.

Στη σύσκεψη συζητούνται θέματα που αφορούν τα τάγματα ασφαλείας (τα οποία καταδικάζουν με κοινό ανακοινωθέν όλες οι πλευρές), την ενοποίηση των αντάρτικων σωμάτων σε ενιαίο εθνικό στρατό (που προσκρούει στις αντιπαλότητες μεταξύ των ομάδων) και φυσικά οι όροι και οι προϋποθέσεις για την ειρηνική συνύπαρξη των αντάρτικων ομάδων.

Η τελική συμφωνία υπογράφεται στις 29 Φεβρουαρίου και με αυτή αποφασίζεται η οριστική κατάπαυση του πυρός μεταξύ ΕΛΑΣ και ΕΔΕΣ και προσδιορίζεται ένα πλαίσιο χαλαρής συνεργασίας μεταξύ τους και συντονισμού των ενεργειών τους κατά των Γερμανών. Ο Woodhouse ώς επικεφαλής της Συμμαχικής Στρατιωτικής Αποστολής επιτυγχάνει να γίνει αποδεκτό το πρωτόκολλο για την εφαρμογή του σχεδίου «Κιβωτός» βάσει του οποίου συμμαχικές στρατιωτικές δυνάμεις θα αρχίσουν να διεισδύουν στην Ελλάδα ακόμα και πριν την αποχώρηση των Γερμανών.

Όπως ο ίδιος ο Woodhouse θα παραδεχτεί (Woodhouse C. M. (1948), Το μήλον της έριδος, Εξάντας εκδοτική), βασικός του στόχος ήταν να υπάρχουν επαρκείς στρατιωτικές δυνάμεις ώστε να αποφευχθεί το ενδεχόμενο κατάληψης της εξουσίας από το ΕΑΜ-ΕΛΑΣ κατά την αποχώρηση των Γερμανών. Η πρόσφατη εμφύλια σύρραξη είχε αποδείξει ότι ο ΕΔΕΣ μόνος του σε καμία περίπτωση δε μπορούσε να αποτρέψει αυτή την εξέλιξη.