Από το καλοκαίρι του 1941, αμέσως μετά τη μάχη της Κρήτης, ξεκίνησε ο σχηματισμός των πρώτων μονάδων του Ελληνικού στρατού στη Μέση Ανατολή.

Το ναυτικό ήταν εκείνο που εξ’ αρχής βρέθηκε στην καλύτερη κατάσταση καθώς οι μονάδες του στόλου κατέπλεεαν στα λιμάνια της Αλεξάνδρειας και του Πόρτ Σάιντ ουσιαστικά ετοιμοπόλεμες.

Σχεδόν αμέσως ενσωματώθηκαν στον επιχειρησιακό σχεδιασμό του Βρετανικού Βασιλικού Ναυτικού, κυρίως σε καθήκοντα συνοδείας νηοπομπών, ενώ σημαντικό επιθετικό ρόλο ανέλαβαν τα 5 υποβρύχια. Στο στρατό ξηράς τα πράγματα ήταν πολύ διαφορετικά, καθώς δεν υφίσταντο οργανωμένες και επανδρωμένες μονάδες. Οι πρώτοι σχηματισμοί που οργανώθηκαν ήταν η Ι Ταξιαρχία και το 1ο Σύνταγμα Πεδινού Πυροβολικού. Και οι δύο μονάδες έλαβαν μέρος στη μάχη του El Alamein με αξιοσημείωτη δράση. Στις επιχειρήσεις που ακολούθησαν έλαβε μέρος και ο Ιερός Λόχος, ένας ιδιαίτερος σχηματισμός ο οποίος αποτελούταν σχεδόν εξ’ ολοκλήρου από αξιωματικούς, καθώς υπήρχε πληθώρα στελεχών στους χαμηλούς και μέσους βαθμούς τα οποία δεν ήταν δυνατό να απορροφηθούν σε αντίστοιχες θέσεις στους άλλους υφιστάμενους σχηματισμούς.

Μετά τη μάχη του El Alamein αποφασίσθηκε η δημιουργία ενός σχηματισμού επιπέδου μεραρχίας με την Ι (υφιστάμενη) Ταξιαρχία και τις νέες μονάδες της ΙΙ Ταξιαρχίας και Συντάγματος αρμάτων. Η κυβέρνηση της Μέσης Ανατολής βρισκόταν σε επαφή με οργανώσεις της Αθήνας, κυρίως τη ΘΕΡΟΣ (επιτροπή των 6 συνταγματαρχών), μέσω της οποίας οργανωνόταν η διαφυγή ανώτερων και ανώτατων αξιωματικών από την Ελλάδα ώστε να αναλάβουν διοικήσεις στο νέο στράτευμα.

Όμως το κλίμα στο εσωτερικό του στρατού και του ναυτικού ήταν κακό. Κύρια αιτία η διάσταση και διαμάχη μεταξύ βασιλοφρόνων και δημοκρατικών αξιωματικών. Η διαμάχη είχε την ιδεολογική της βάση που ξεκινούσε από τον Εθνικό Διχασμό του 1915-17, συνέχιζε στη Μικρασιατική Καταστροφή και τη δίκη και εκτέλεση των έξι, έφτανε στα βενιζελικά πραξικοπήματα του 1933 και 1935 και κατέληγε στο ρολό του βασιλιά στην εγκαθίδρυση και λειτουργία της δικτατορίας του Μεταξά. Όμως είχε και πρακτική σημασία, καθώς οι δημοκρατικοί αξιωματικοί φοβόντουσαν πώς ο νέος στρατός της Μέσης Ανατολής θα αποτελούσε το εργαλείο με το οποίο ο Βασιλιάς Γεώργιος θα επιτύγχανε την επάνοδό του στην Ελλάδα μετά την απελευθέρωση. Σύντομα μια ακόμα παράμετρος εισήχθη στην εξίσωση. Η ΑΣΟ (Αντιφασιστική Στρατιωτική Οργάνωση) ήταν η επέκταση του ΕΑΜ στο στρατό της Μέσης Ανατολής. Έτσι στην αντιπαλότητα έμπαιναν και οι απλοί στρατιώτες, μέσω της ΑΣΟ. Σε αντίθεση με το ΕΑΜ που μέχρι αρκετά αργά μέσα στην κατοχή δεν έπαιρνε σαφή αντιβασιλική θέση, η ΑΣΟ εξ’ αρχής εκδηλώθηκε ανοικτά κατά της βασιλείας, αλλά και κατά των παλαιών αστικών κομμάτων, των βενιζελικών συμπεριλαμβανομένων.

Στις 17 Φεβρουαρίου 1943, με αφορμή την αναίτια αντικατάσταση του βενιζελικού διοικητή ενός εκ των ταγμάτων πεζικού της ΙΙ Ταξιαρχίας, δημιουργείται ένταση στο στρατό και το ναυτικό. Μέσα σε λίγες μέρες οι οπλίτες και αρκετοί βαθμοφόροι είχαν εξεγερθεί και κάθε έννοια διοίκησης στη ΙΙ Ταξιαρχία είχε καταλυθεί, καθώς 150 βασιλόφρονες αξιωματικοί της μονάδας παραιτούνται διαμαρτυρόμενοι για την κατάσταση.

Στις αρχές Μαρτίου η στάση εξαπλώνεται και στην Ι Ταξιαρχία και ο Π. Κανελλόπουλος, Αντιπρόεδρος της κυβέρνησης και Υπουργός Εθνικής Αμύνης, σπεύδει στη Συρία όπου στάθμευαν οι μονάδες. Μετά από σύσκεψη με τους διοικητές των μονάδων και με τη σύμφωνη γνώμη των Βρετανών αποφασίζεται να απομακρυνθούν από το στράτευμα εκείνοι οι αξιωματικοί τους οποίους οι εξεγερθέντες χαρακτήριζαν «φασίστες». Οι 150 αξιωματικοί που είχαν παραιτηθεί και περίπου ίσος αριθμός οπλιτών, απομακρύνονται και μεταφέρονται στο στρατόπεδο Μέρτζ Αγιούμ. Τη διοίκηση των Ελληνικών μονάδων αναλαμβάνουν Βρετανοί και ο Κανελλόπουλος παραιτείται. Ο Βασιλιάς Γεώργιος και ο πρωθυπουργός Τσουδερός φεύγουν από το Λονδίνο και έρχονται στο Κάιρο, όπου βρίσκουν τις δύο ταξιαρχίες ουσιαστικά διαλυμένες. Λίγες μέρες αργότερα ο Βασιλιάς Γεώργιος συναινεί να σε ριζικό ανασχηματισμό της κυβέρνησης και στις 24 Μαρτίου απομακρύνονται από αυτή τα τελευταία μέλη των κυβερνήσεων του Μεταξά. Η κορύφωση της κρίσης έχει περάσει, όμως θα αφήσει βαθιές πληγές οι οποίες όχι μόνο δε θα κλείσουν, αλλά θα αιμορραγήσουν ακόμα πιο άσχημα στους επόμενους μήνες .

Ο Ελληνικός Στρατός της Μέσης Ανατολής έχει πλέον μεταβληθεί, σε ότι αφορά τους Βρετανούς, από Συμμαχική αξιόμαχη δύναμη, σε πρόβλημα. Το στρατόπεδο του Μέρτζ Αγιούμ όπου κλείστηκαν οι 150 βασιλόφρονες αξιωματικοί θα αποτελέσει το εκκολαπτήριο του ΙΔΕΑ (Ιερός Δεσμός Ελλήνων Αξιωματικών) που όταν αργότερα πάρει την ταυτότητά του επί Ελληνικού εδάφους θα αποτελέσει ένα σημαντικότατο παράγοντα ανωμαλίας για τις επόμενες δεκαετίες.

Μετά τα γεγονότα του Μαρτίου στις μονάδες της Μέσης Ανατολής επικρατούσε σχετική ηρεμία, όμως είχαν πάψει να θεωρούνται αξιόμαχες. Στις αρχές Ιουλίου 1943 μια σειρά επεισοδίων εξελίσσονται στα πολεμικά πλοία Ιέραξ και Μιαούλης, που έχουν ώς αποτέλεσμα τη σύλληψη και φυλάκιση αρκετών ναυτών με την κατηγορία της στάσης. Στις 5 Ιουλίου 1943 οι ταραχές εξαπλώνονται και στο στρατό ξηράς. Η ΙΙ Ταξιαρχία χάνει περισσότερους από τριακόσιους οπλίτες και υπαξιωματικούς οι οποίοι φυλακίζονται με την κατηγορία της στάσης, και ουσιαστικά παύει να υφίσταται ώς πραγματικός μάχιμος σχηματισμός.

Η δημιουργία της Πολιτικής Επιτροπής Εθνικής Απελευθέρωσης (ΠΕΕΑ) το Μάρτιο του 1944 γίνεται πηγή αλυσωδωτών αντιδράσεων στην κυβέρνηση και τις Ελληνικές δυνάμεις της Μέσης Ανατολής. Ήδη από τις αρχές του 1944 υπήρχε έντονη κινητικότητα μεταξύ των αστών πολιτικών για την αντιμετώπιση του ζητήματος του Βασιλιά που ήταν και το βασικό σημείο τριβής με το σύνολο σχεδόν των αντιστασιακών οργανώσεων της κατεχόμενης Ελλάδας. Λαμβάνοντας υπ’ όψιν και την αλλαγή πλεύσης της Βρετανικής πολιτικής το φθινόπωρο του 1943, σύμφωνα με την οποία πρόθεση της Βρετανικής κυβέρνησης είναι να μην επανέλθει ο Βασιλιάς στην Ελλάδα αμέσως μετά την απελευθέρωση, αλλά να οριστεί αντιβασιλιάς και το θέμα της μοναρχίας να αντιμετωπιστεί στη συνέχεια, αναζητούνται πλέον λύσεις αντιβασιλείας και προτείνονται ονόματα.

Η είδηση της δημιουργίας της ΠΕΕΑ ανατρέπει τις μέχρι τότε ισορροπίες, καθώς αποτελεί μια εκτελεστική εξουσία η οποία έχει μεγαλύτερη νομιμοποίηση από την κυβέρνηση της Μέσης Ανατολής (δεν πρέπει να ξεχνά κανείς ότι δεν πρόκειται για κοινοβουλευτική κυβέρνηση, αλλά για το διάδοχο του καθεστώτος της 4ης Αυγούστου και δεν έχει προκύψει από εκλογές) και ταυτόχρονα είναι εντελώς ανεξάρτητη από τα αστικά κόμματα της προ-Μεταξικής περιόδου. Σε αυτούς τους προβληματισμούς και τις ανησυχίες έρχεται να προστεθεί και η έντονη αναταραχή που ξεσπά στους κόλπους της 1ης Ταξιαρχίας και του Ναυτικού.

Στα τέλη Μαρτίου ομάδα αξιωματικών ζητά από τον πρωθυπουργό Τσουδερό το σχηματισμό κυβέρνησης εθνικής ενότητας με βάση την ΠΕΕΑ. Ο Σ. Βενιζέλος, υπουργός στρατιωτικών δείχνει να συμπλέει με το αίτημα και ουσιαστικά «αδειάζει» τον Τσουδερό ο οποίος υποβάλλει την παραίτησή του την οποία όμως δεν κάνει δεκτή ο Βασιλιάς Γεώργιος.

Στις 6 Απριλίου 1944 ξεσπά στάση στις τάξεις της 1ης Ταξιαρχίας και ουσιαστικά η μονάδα διαλύεται. Την ίδια μέρα ξεσπά κίνημα και στο ναυτικό, το οποίο εξαπλώνεται στο σύνολο σχεδόν των πλοίων του στόλου.

Στις 11 Απριλίου ο Βασιλιάς ο οποίος στο μεταξύ έχει έρθει στο Κάιρο, αναθέτει την πρωθυπουργία στο Σ. Βενιζέλο. Ο νέος πρωθυπουργός έχει να αντιμετωπίσει την καταστολή της στάσης στο ναυτικό, υπό την απειλή των Βρετανών ότι αν δε διευθετηθεί η κατάσταση θα προχωρήσουν σε βύθιση των Ελληνικών πλοίων, μια απειλή που κάθε άλλο παρά κενή περιεχομένου είναι αν θυμηθεί κανείς τη βύθιση των Γαλλικών πλοίων 4 χρόνια νωρίτερα.

Στις 23 Απριλίου, μετά από ένοπλη επίθεση πιστών στην κυβέρνηση της Μέσης Ανατολής μονάδων του ναυτικού, τα πλοία που έχουν στασιάσει καταλαμβάνονται και το κίνημα καταστέλεται.

Η ιστορία των αναταραχών στις Ελληνικές δυνάμεις της Μέσης Ανατολής, η οποία μόνο επιφανειακά παρουσιάζεται στις παραπάνω γραμμές, είναι μια από τις πιο μαύρες και ταυτόχρονα από τις πιο λησμονημένες σελίδες της σύγχρονης Ελληνικής ιστορίας. Αλλοίωσε σε ένα βαθμό τη σημασία και την αξία της Ελλάδας στο πλευρό των Συμμάχων, κυρίως όμως επηρέασε τις αποφάσεις της Βρεταννικής κυβέρνησης για τον τρόπο με τον οποίο θα συμπεριφερόταν στην Ελλάδα αμέσως μετά την απελευθέρωση.