Σύμφωνα με τα διασωζόμενα αρχαία κείμενα, η πόλη του Ηρακλείου, στο δέλτα του Νείλου, ήταν το κύριο λιμάνι της Αιγύπτου και σημαντικό εμπορικό κέντρο της ευρύτερης περιοχής μέχρι την ίδρυση της πόλης της Αλεξάνδρειας το 331πX.
Η ερευνητική ομάδα του Franck Goddio με τη συνεργασία του Ανώτατου Αιγυπτιακού Αρχαιολογικού Συμβουλίου κατάφερε να ανακαλύψει στον κόλπο του Abukir τα ερείπια της πόλης κάτω από τα νερά της Μεσογείου.
Τα ευρήματα εντοπίζονται σε μια περιοχή 1.000 x 800 m και αποτελούνται από απλά αντικείμενα καθημερινής χρήσης έως ερείπια κτιρίων και τις λιμενικές εγκαταστάσεις. Ένα από τα σημαντικότερα ευρήματα είναι μια ανέπαφη στήλη από μαύρο γρανίτη, με μεγάλες ομοιότητες με τη στήλη της Ναυκράτης που βρίσκεται στο μουσείο του Καίρου. Είχε ανακαλυφθεί το 1899 και χρονολογείται στην εποχή του Φαραώ Nektanebos του 1ου (378-362 BC), πρώτου Φαραώ της τριακοστής δυναστείας, της τελευταίας πριν την εποχή των Πτολεμαίων. Η ύπαρξη δύο σχεδόν όμοιων στηλών αποτελεί από μόνη της γεγονός μεγάλης σημασίας, καθώς πρόκειται για κάτι μοναδικό στην ιστορία της Αιγυπτιολογίας.
Η θέση του λιμανιού έχει πιστοποιηθεί με μεγάλη ακρίβεια, χάρις στην ανακάλυψη των ναυαγίων 10 αρχαίων πλοίων. Άλλα σημαντικά ευρήματα είναι τρία μεγάλων διαστάσεων αγάλματα από ροζ γρανίτη δίπλα σε ένα χοντρό τοίχος. Πιστεύεται ότι στην περιοχή εκείνη βρισκόταν ο μεγαλύτερος ναός της πόλης. Φυσικά τα ευρήματα συμπληρώνονται από μεγάλο αριθμό μικροαντικειμένων, κοσμημάτων, νομισμάτων και αγαλμάτων σε εξαιρετική κατάσταση. Κανένα από τα αντικείμενα που ανεβρέθηκαν δεν χρονολογήθηκε μετά τον 1ο πχ αιώνα, περίοδος στην οποία εντοπίζεται και η καταστροφή της πόλης, πιθανότατα από κάποιο σεισμό και το παλιρροιακό κύμα που τον ακολούθησε.
Πέρα από την προφανή αρχαιολογική της αξία, η ανακάλυψη αναμένεται να προσφέρει σημαντικές πληροφορίες, καθώς η ιστορία της πόλης συνδέεται με σημαντικά γεγονότα της αρχαίας ιστορίας, αλλά και των αμέσως προηγούμενων αιώνων. Η πόλη αναφέρεται από το Διόδωρο ως ο τόπος στον οποίο ο Ηρακλής εξετέλεσε ένα από τους άθλους του, σώζοντας την πόλη από μια από τις πλημμύρες του Νείλου και ενώ όλα τα φράγματα και αναχώματα είναι καταστραφεί. Σε αυτό το πέρασμα του Ηρακλή οφείλεται και όνομα της πόλης.
Ο Ηρόδοτος αναφέρει το Ηράκλειον ως τον 1ο σταθμός της Ωραίας Ελένης και του Πάρη με την αρπαγή της από το Μενέλαο. Προφανώς όμως, οι κάτοικοι της πόλης φοβούμενοι την οργή των Ατρειδών δεν επέτρεψαν στο ζευγάρι να μείνει και εκεί.
Συμπερασματικά, η ανακάλυψη του Ηρακλείου και η συνέχιση των εκεί ανασκαφών αναμένεται να προσφέρει νέα στοιχεία για την ιστορία μιας πόλης που αποτελούσε σημαντικό εμπορικό κέντρο της περιοχής και ίσως να ενισχύσει τις γνώσεις γύρω από πολλά ιστορικά, ή ιστορικο-μυθολογικά γεγονότα, τόσο του Αιγυπτιακού, όσο και του Ελληνικού πολιτισμού, που συνδέονται με αυτή.